FC Helsingør blev stiftet den 1. juni 2005 og er en overbygningsklub og en del af kommunes elitesatsning fra 2002.

I samarbejde med det lokale erhvervsliv stiftede Elite 3000 Fonden og Elite 3000 A/S, som skulle være med til at føre kommunens eliteidrætspolitik ud i livet. Fodbolden gik ind i samarbejdet i 2005 hvor Helsingør IF” leverede” sin licens til Elite 3000 fodbold.

Målsætningen har siden været, at alle kommunens fodboldklubber skulle indgå i samarbejdet som moderklubber til overbygning Elite 3000. Fra starten var moderklubberne HIF, Vapnagaard, HFC, Snekkersten og Frem Hellebæk.

I 2012 skiftede Elite 3000 fodbold navn til FC Helsingør. Overbygningen består i dag af et divisionshold samt fem ungdomshold U-21, U-19, U-17, U-15 og U-14.

I dag består moderklubberne af: Helsingør IF, Helsingør FC, Vapnagaard FK 72, Hornbæk IF, Frem Hellebæk, Espergærde IF, Snekkersten IF, Kvistgaard IF, Tikøb IF, Gurre IK og Borsholm Skipstrup IF.